广西大学农学院植物保护系成立于1950年，前身为广西农学院病虫害系，1956年定名为植物保护系，设植物保护专业（本科），1986年蚕学专业并入植保系。1997年广西大学、广西农学院合并成新广西大学，原植保、农学、园艺三系组成广西大学农学院。
广西大学农学院植物保护系现有教学、科研和教辅人员37人，其中正高职称10人，副高职称17人，中级职称10人，具有博士学位26人，博士生导师6人，硕士生导师24人，广西壮族自治区优秀专家1人，国家现代农业食用菌产业技术体系广西创新团队首席专家1人，国家现代农业广西农业产业体系创新团队功能专家3人，广西农业“百名顶尖人才支撑工程”特聘专家3人，广西“统一战线专家百人团”特聘专家1人。
现设有植物保护和蚕学本科专业，植物保护专业是广西高等学校优势特色专业。有植物保护学博士后流动站、植物病理学二级学科博士授权点、植物保护一级学科硕士授权点、4个二级学科硕士点（植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、蚕学）和植物保护硕士专业学位授权点。植物保护学科是目前广西区高校重点学科和优势特色重点学科。
经过60多年的建设，植物保护学科形成了以研究广西区域特色的亚热带、南亚热带农业有害生物为主，应用基础研究与应用技术研究相结合的学科方向和团队，具备很好的科学研究及人才培养条件，拥有有害生物检测鉴定及生物学研究、农药生测及残留检测、有害生物综合治理等实验平台和现代化农业教学科研基地；拥有“农业环境与农产品质量安全”广西高校重点实验室，为农业部农药登记田间药效试验单位和农药残留试验单位，广西特聘专家岗位“农业环境与农产品质量安全”设岗单位。
教学方面，植物保护系主要负担植物保护、农学、园艺、林学、农业资源与环境、畜牧、兽医等专业本科生、博士和硕士研究生相关课程的教学工作。植物保护专业教学团队2008年被评为自治区级教学团队。近5年来主持和参与教改项目10余项，发表教改论文50余篇。
科研方面，近5年来共承担国家自然科学基金16项目，省级和其他科研项目共60余项。获得国家科学技术进步奖二等奖1项，区级自然科学奖、技术发明奖、科学技术进步奖共6项。发表SCI论文80余篇，发表中文核心论文150余篇。主编专著2部（其中一部获广西优秀教材奖），参编著作15部。
  植物保护专业本着以就业为导向，以服务“三农”为宗旨，培养具备植物保护科学知识和技能，能够从事植物保护、农产品安全与检验、无公害农产品的农药残留安全与检验、农药加工和经营管理工作。60多年来，植物保护系已培养了大量优秀人才，遍布区内外。近5年就业率连续高于92%，就业单位包括各级党政机关、高等农业院校、农业科学研究院所、出入境检验检疫局、食品药品监督局、植保总站、农业局、园林局/所、白蚁所、蚕种站、蚕业站/所、国内外大型农药企业、农业技术推广站、农药生产与行业管理、农产品质量安全监管、农产品质量检测和茧丝绸企业等企事业单位，培养的人才在各自的工作岗位上为当地的经济建设和科学发展做出了应有的贡献，受到用人单位的一致好评。