基础医学院的前身是医学基础部，始建于1959年1月，1998年9月更名为基础医学院。
学院下设学院办公室、教研科、学生工作办公室、学院团委4个行政职能部门，基础医学系、生命科学与技术系、生物医学工程系、基础医学实验教学中心4个教学系（中心）和基础医学实验中心、广西“神经生物学研究”特聘专家实验室2个科研实验室，其中基础医学系涵盖6个教研室即微生物学教研室、免疫学教研室、人体解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、病理生理学教研室、寄生虫学教研室，生命科学与技术系涵盖4个教研室即生理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、生物技术教研室、细胞生物学与遗传学教研室，生物医学工程系涵盖4个教研室即物理学教研室、电子学教研室、医疗仪器与临床工程教研室、数学与信息工程教研室，基础医学实验教学中心涵盖3个教学实验室（中心）即实验生理科学实验中心、形态学实验室、分子医学教学实验室。
学学院现有教职员工188人，专任教师130人。博士55人，硕士69；具有正高职称24人，副高职称44人。近年来，获国家“万人计划”教学名师1人、国务院政府特殊津贴专家1人、广西留学回国人员先进个人1人、“广西新世纪十百千人才工程”第二层次人选2人、广西高等教育研究突出贡献学者1人、广西特聘专家1人、广西高校人才小高地“八桂学者”1人、广西高校“八桂名师”1人、广西高校“教学名师”1人、广西五一劳动奖章4人、广西青年五四奖章1人……
学院有基础医学博士后科研流动站1个，基础医学一级学科博士学位授权点1个，基础医学、生物学一级学科硕士学位授权点2个；有人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、医学生物化学与分子生物学、病原生物学、免疫学5门广西高校重点学科，人体发育与疾病研究重点实验室、基础医学研究重点实验室、生物分子医学研究重点实验3个广西高校重点实验室。
学院开设有生物技术、生物医学工程2个全日制本科专业和医学美容技术医学检验技术2个高职专业，承担全校临床医学、预防医学、口腔医学、药学、护理学、信息管理与信息系统、医学检验、公共事业管理等多专业的博士生、硕士生、临床医学5+3一体化、七年制本科生、五年制本科生、外国留学生、高职高专生以及各类成人教育等多专业、多层次的基础医学课程的教学任务。现有国家级教学团队1个（组织学与胚胎学教学团队），省级教学团队4个（组织学与胚胎学教学团队、生物化学与分子生物学教学团队、实验生理科学教学团队、基础医学实验创新创业教学团队），实验教学（示范）中心3个（基础医学虚拟仿真实验教学中心、实验生理科学、基础医学）；有来华留学英文授课品牌课程、国家级精品课程、国家级双语教学示范课程、国家精品资源共享课程各1门（组织学与胚胎学），自治区级精品课程9门（组织学与胚胎学、人体解剖学、生物化学、人体寄生虫学、微生物学、医学免疫学、生理学、实验生理科学、医用物理学）。
学院还负责临床医学五年制专业1-3年级、七年制临床医学专业1-4年级、生物医学工程、生物技术、医学美容技术和医学检验技术等专业约4000名学生的管理工作。
近五年，学院获科研立项课题143项，其中国家自然科学基金课题38项、省级课题52项，教育厅科研项目25项，研究经费总计约2192万元。获广西科技进步一等奖1项、二等奖1项，广西自然科学二等奖1项，授权发明专利6件，发表学术论文429多篇，其中SCI、EI、ISTP收录109篇，其中单篇最高影响因子达15.606分（PRRT2 deficiency induces paroxysmal kinesigenic dyskinesia by regulating synaptic transmission in cerebellum，Cell Research）。
学院先后和德国、美国、英国、丹麦、奥地利、比利时、日本、新加坡、香港等国家和地区高等院校、科研院所建立了长期合作关系，为学院的长期发展创造了良好的外部环境。学院还积极承办和参与筹备国内国际会议。学院教师曾数次在全国甚至是国际会议上发言并做主题报告。