新疆医科大学基础医学院前身为新疆医学院基础医学部，成立于1984年，1998年新疆医学院和新疆中医学院合并成立新疆医科大学后，于1999年11月更名为新疆医科大学基础医学院。历经几十年的建设，为大学培养各级各类医学专门人才做出了突出的贡献。2016年基础医学学科获自治区“十三五”重点学科。病原生物学学科获自治区二级重点学科。学院拥有1个国家级基础医学实验教学示范中心、2个省部共建重点实验室、2个自治区重点实验室等；现有国家“QR”青年项目入选者2名，国家教学名师1名，自治区教学名师6名。
学院于2018年获基础医学一级学科博士学位授权点，并有基础医学（病理与病理生理学、病原生物学、免疫学、人体解剖学与组织胚胎学、法医学5个二级学科硕士点）和生物学（生理学、生物化学与分子生物学和遗传学3个二级学科硕士点）两个一级学科硕士学位授权点。设置有病理学、病理生理学、人体解剖学、组织胚胎学、微生物学、寄生虫学、生物化学与分子生物学、生理学、细胞生物学、免疫学、法医学等11个教研室和形态、机能两个基础医学实验教学中心。学院现有专任教师127名（截至2018年6月），其中副教授以上教师80人（62.99%），45岁以下青年教师98人（77.17%），具有硕士及以上学位教师115人（90.55%）。
学院拥有教育部第二期来华留学英文授课品牌课程1门，自治区精品课程4门，校级精品资源共享课程5门，校级精品视频公开课5门。学院教学实验室总面积10300平方米，仪器设备4610台（套），教学设备总值6184.6万元。
   近五年，学院承担国家及省部级科研项目196项，总经费达5716.76万元。共发表各类科研论文600余篇，其中SCI 收录215篇。获得专利5项，自治区科技成果奖18项。学院与北京大学、吉林大学、中南大学等对口援疆高校建立了密切的合作关系，并联合培养青年教师和博士研究生。
学院承担学校本科24个专业33门医学专业基础课程和2门专业选修课，还承担国际教育学院、继续教育学院和临床医学院的教学工作，是我校医学教育教学计划实施的重要执行单位。