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南京农业大学植物保护学院植物保护（专业学位）专业参考书与指定教材为：339 农业知识综合一
主要涵盖植物学、遗传学、植物育种学、植物生理学、农业生态学、土壤学六门课程，每门课程50分，考生可以在以下六门课程中任选三门。

植物学：无参考书
遗传学：《 遗传学 》，朱军主编，中国农业出版社，2004年，标准书号：ISBN7-109-06990-7。
植物育种学：《 作物育种学总论 》，张天真主编，中国农业出版社，2003年，标准书号：ISBN7-109-08195-8。
植物生理学：
《植物学与植物生理学》顾德兴和蔡庆生主编，2000，南京大学出版社；《现代植物生理学》李合生主编，2006，高等教育出版社。
农业生态学：骆世明主编, 农业生态学. 北京: 中国农业出版社, 2001
土壤学：《土壤学》黄晶勇主编， 中国农业出版社，2000

910 植物保护学通论
《植物保护学通论》普通高等教育“十一五”国家级规划教材，2012年8月第2版。

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