系统科学与工程学院的成立是中山大学深入贯彻创新驱动发展战略，贯彻落实粤港澳大湾区国家发展规划，优化国家人才资源配置的战略举措。面向国家重大工程项目系统论证、评价、设计、生产、试验、控制与管理对系统工程总体性人才的迫切需求，系统科学与工程学院将以相关国防科研机构需求为出发点，充分发挥中山大学多学科厚实基础，通过顶层设计和系统工程研究，承载大学学科优势，形成系统集成合力，参与国家、国防具有重大影响和重大贡献的大工程和大项目，是未来国防领域“厚基础、多领域、强实践、会管理”的系统工程总体性人才的摇篮。
学院目前具备完整的学士、硕士、博士和博士后人才培养体系，设立了“优中选优信息工程专业实验班”，从全校相关学科专业本科二年级学生中选拔优秀学生进入实验班，重点培养信息工程专业人才；学院拥有数学、信息与通信工程、计算机科学与技术等3个一级学科硕士点、博士点和博士后流动站。在学生培养过程中，创新学院和国内相关科研机构的双导师联合培养模式，建立“权利并重，责任并重，全程跟踪”联合培养机制。
学院坚持钱学森先生提出的“理工结合、加强基础、落实到工”的指导原则，推进学科交叉融合，正加快建设系统科学、系统工程学科，强化基础理论和专业基础培养。学院将与相关学院共同建设数学、计算机科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、航空宇航科学与技术、网络空间安全等一级学科，主要研究网络信息系统工程、航空航天系统工程、智能无人系统工程等领域方向。学院正在建设信息系统安全工程实验室、航空航天飞行器系统设计实验室、复杂系统与复杂网络研究实验室、体系工程实验室，以及未来网络空间技术创新中心、智能无人系统技术创新中心、垂直起降可重复使用运载火箭技术联合创新中心等。
系统科学与工程学院将持续创新产学研一体化合作模式，当前建设得到了中国人民解放军军事科学院，中国航天科技集团有限公司第一研究院、第五研究院，中国航天科工集团有限公司第二研究院、第三研究院，中国电子科技集团，中国电子信息产业集团，北京华如科技股份有限公司、北京蓝箭航天空间科技股份有限公司等多家科研机构和高新技术企业的大力支持，为人才培养、科研合作和学术交流奠定了坚实基础。