马克思主义学院是由浙江海洋大学党委和行政领导的教学科研单位，承担着全校思想政治理论课的教学科研任务。学院现有“四室”、“三中心”、“两基地”、“一所”。“四室”为：思想道德修养与法律基础教研室、马克思主义基本原理教研室、马克主义中国化教研室和中国近现代史纲要教研室；“三中心”为：中国特色海洋观研究中心（习近平海洋思想研究中心）、德育与社会治理研究中心、浙江舟山群岛新区研究中心；“两基地”为：浙江省中国特色社会主义理论体系研究中心浙江海洋大学基地、全国海洋意识教育基地；“一所”为舟山市和学校共建的港台侨研究所。另有浙江省社会学会海洋社会学专业委员会挂靠学院。
学院现有专任教师23名，其中教授4名，副教授14名。专任教师中具有博士学位5人，硕士学位14人。
学院在全校开设《思想道德修养与法律基础》、《马克思主义基本原理》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》、《中国近现代史纲要》和《形势与政策》五门课程。
近年来，学院重视教学改革，把提高课堂教学效果，提升学生对思政课的认可度和满意度作为改革的目标，取得了明显的效果。在2013—2015年浙江省教育厅举办的第二届、第三届、第四届全省高校思政课教学比赛中，我校有3名教师获得一等奖。3位教师还代表浙江省高校参加了长三角地区高校思政课教学比赛，均荣获三等奖，为我校也为全省高校赢得了荣誉。1位教师的教学视频被浙江省教育厅推荐至教育部，作为“精彩一课”教学示范课广泛传播。
学院在思政课教学中，积极融入海洋意识教育和国家海洋战略思想，获得了国家海洋局授予的“全国海洋意识教育基地”称号。
学校重视德育社会实践，把社会实践的成果汇编成《蓝色报告》系列丛书，该书得到时任浙江省委书记的习近平同志的批示与肯定，并获得浙江省教学成果二等奖。
学院强调教学与科研并举，2014年以来，获得省部级科研项目近10项，地厅级项目30多项。有10多篇（部）论文和著作获省哲社规划办、省社科联、教育厅、省级学会、市政府、市社科联等单位二等奖以上荣誉。
近年来，学院全体教师围绕大学生海洋观教育研究、大学生信仰观研究、海洋社会学研究、台海问题研究等几个方面不断深化，形成了较鲜明的研究特色，奠定了在全省高校中的学术地位。
学院教师积极融入地方服务工作，参加舟山市法学会、妇女研究会、历史学会、哲学学会、科学社会主义学会等社会团体，依托浙江舟山群岛新区研究中心，参与新区的各项研究、咨询工作，参与舟山市各县区服务对接工作，参与“舟山市法治与民主研究中心”、“舟山市协商民主研究中心”等研究平台建设，全面融入新区的建设与服务。